Aos 37 anos, o jogador tem sido afetado por lesões frequentes desde a final da última Copa Libertadores, em outubro de 2022. Desde então, ele ficou ausente da equipe em três ocasiões distintas. Retornou em janeiro, mas voltou a ficar fora no início de fevereiro. Posteriormente, passou por outra recuperação que durou todo o mês de abril e metade de maio.
- Tive muitos problemas com lesões nessa temporada. Estou lutando e está sendo muito, muito difícil para conseguir estar saudável para disputar a minha posição, porque eu sei que sou capaz - finalizou.
Antes de enfrentar o Ñublense, o último jogo do lateral foi em 9 de abril, na derrota para o Fluminense na final do Campeonato Carioca. Devido a suas ausências, Filipe participou apenas de um dos 34 jogos disputados pelo Flamengo nesta temporada.
A falta de opções no elenco e a ausência sobrecarregaram seu companheiro Ayrton Lucas, que atuou como titular em 13 partidas consecutivas antes de receber um descanso na última quarta-feira. A posição é uma das consideradas pelo Flamengo para possíveis contratações no mercado que se abrirá em julho.